北京清華大學與新竹清華大學近年來在學術上的合作研究相當密切，且已有相當豐碩的成果。今年(107年)12月14日舉行的「2018兩岸清華大學學術研討會」，聚焦於奈米科技與資訊網路通訊技術，並以此為基礎，促進兩岸清華以奈米科技技術，廣泛擴展至各種工業，從化學、化工、材料、機器設備、電機電子等產業，甚至新興高科技產業，都相繼利用超微細結構與縮小化技術，並直接促成兩岸清華在更廣泛領域內之深入合作。