未來發展
近程
- 奈米量測與製程：
建立深奈米（deep-nano）世代（22奈米以下）之奈米結構量測與製程技術。 - 奈米新材料與民生科技：
利用奈米科技促進傳統產業加值化，並推動對民生福祉有重大影響之能源與生醫技術的發展。 - 奈米電子與光電：
深奈米世代（22奈米以下）之半導體與光電元件技術的開發。 - 奈米生物科技：
生物細胞與分子操控技術的建立及相關應用技術的開發。
長程展望
目前所規畫之重點會進一步往10奈米以下製程技術與元件應用方向發展，對此一尺度世代之半導體材料，量子效應已是無可避免，因此傳統之電子元件結構將無法適用，必須往量子元件方向發展，此外，具有極小化優勢之分子電子的開發也會更加重要，尤其是全分子積體電路元件之發展，因此相關之材料與元件製程的研發必然會是本校奈材領域長程發展重點。另一方面，由於傳統光學顯微技術到了10奈米也將面臨其極限，更新的製程技術將成為主流，包括電子束微影、原子力顯微鏡技術及自組裝製程等，因此這方面的研發也必須是奈材領域未來發展的重點。由於上述之研發重點均屬奈米科技之最前瞻項目，相關研究是否能獲致突破性之成果將會是本校能否達成國際一流之頂尖奈米科技研究大學的關鍵指標，而此乃是本校的長程發展目標。
此外，奈材中心未來在「清華實驗室」正式成立後將併入「清華實驗室」之營運管理，負責推動以應用科技為導向，以學術卓越與前瞻產業技術為目標之奈米材料/元件/系統整合科技的尖端研究發展工作。